元禄（げんろく）年中（1688～1704）の末期、金剛院は原因不明の火災にみまわれました。（延宝（えんぽう）年中（1673～81）以前という説もあります）
この火災では、多くの仏像や古文書類を焼失してしまいました。

そのために金剛院は、正徳（しょうとく）5年（1715）、現在のところにうつることになったのです。それが長崎村の鎮守社（長崎神社）の東どなりでした。

新しい場所に移った金剛院は、その当時の住職であった十五世・聖誉（しょうよ）和尚の努力によって、本堂や大師堂、山門や鐘楼堂（しょうろうどう）などのお堂が建立され、金剛院の寺容は一新しました。